Salut les contributeurs et contributrices de l’AV !
Je suis en discussion depuis un peu plus d’un an avec Eric Tannier (par l’intermédiaire des copains de La Myne), autour d’idées de projet de base de données sémantiques sur les plantes.
Au départ, on était parti sur la cartographie des plantes compagnonnes et plantes de services, et finalement on est plus en train de se tourner vers la bio-indication. C’est aussi un principe de la permaculture, car une plante qui pousse a un endroit a souvent une signification sur la qualité du sol (Ph, composition, etc.)
On utilise le prétexte du solathon pour commencer à travailler ensemble sur le sujet et on a prévu d’en discuter Jeudi soir (demain) à 18h, l’ordre du jour est peu ou prou le suivant :
Une idée serait d’explorer la possibilité de faire de la bio-indication des sols à des niveaux taxonomiques autres que les espèces. Ca implique :
de choisir une taxonomie (NCBI ou GBIF ou Taxref) ou un arbre phylogénétique comme celui-là.
l’identification des plantes (ou autres êtres vivants), en transformant les résultats de plantnet (ou les observations d’un utilisateur) en informations taxonomiques dans le système choisi
la propagation des valeurs bioindicatrices de Baseflor à des niveaux taxonomiques divers peut-être avec RevBayes
éventuellement, la visualisation des résultats avec Lifemap
tout ceci nécessite bien sûr de faire communiquer tous les systèmes qui utilisent des nomenclatures différentes, avec l’API GBIF ou bien TNRS TNRS ou autre
le plus possible faire un truc qu’on puisse intégrer à l’outil d’inventaire qu’est en train de développer Arnaud, avec Django et Svelte-JS.
éventuellement, s’intéresser à la possibilité d’en faire un système sémantique à la Semapps.
Est-ce que ça pourrait vous intéresser de participer ? je pense à @fluidlog et @Fada en particulier ? Si vous n’êtes pas dispo demain, pas d’inquiétude on fera un joli compte rendu !
Chacun de ces systèmes est peut-être remplaçable (autre taxonomie, autre système pour la recherche des synonymes, autres données de bioindication, autre système d’identification…), mais pas dispensable
En optionnel, il y aurait
Merci @pierre, ce projet m’intéresse beaucoup, je vais déjà suivre les liens pour comprendre le contexte.
J’ai du mal à saisir pour l’instant un cas d’usage.
Enchanté @eric.tannier
Bonjour @fluidlog, c’est vrai que comme on discute depuis longtemps entre nous sur ce sujet on n’a pas pris la peine de faire une présentation un peu plus contextualisée.
C’est encore largement ouvert, mais voilà ce que j’imagine comme cas d’usage :
n’importe qui peut faire un inventaire des plantes sauvages qui poussent dans une petite surface (par exemple 1m2, un peu plus, un peu moins), et recevoir un diagnostic sur la biodiversité et les caractéristiques de son sol (humidité, ph, nutriments, pollutions…). Ca peut être un jardin, un champ, un fossé, un interstice en bas d’un mur, n’importe quel espace urbain ou rural où il pousse quelque chose
de façon participative, on peut centraliser ces usages pour faire une évaluation environnementale citoyenne.
La motivation de « n’importe qui » pour faire ça peut être de choisir un terrain propice pour le cultiver, savoir quoi y cultiver, observer l’évolution de son sol en fonction de son usage, détecter des pollutions, apprendre la botanique, comparer la biodiversité derrière sa porte à celle de ses voisins, l’améliorer, participer au projet d’évaluation, avoir un instrument pour observer son environnement et son évolution…
Si tu veux, il y a un webinaire le 8 septembre et on se réunit le 13 pour mettre ça au point.
Merci @eric.tannier c’est beaucoup plus clair.
Des amis me parlent de l’appli : https://verdeterredigital.fr/soildiag/
Quelle différence ? (à part peut-être de le faire en open-source / libre / sémantique)
Oui depuis cette année il y a cette appli dans le paysage. Il y en a peut-être d’autres (je ne connais que les projets français), et il y en aura peut-être d’autres (des bruits courent).
Il me semble que le paysage n’est pas saturé. D’abord les indicateurs écologiques sont divers, soildiag utilise les données de Gérard Ducerf, qui sont une référence mais qui sont aussi contestées par les scientifiques. Et puis, ce qu’on veut principalement explorer ici, c’est la possibilité de faire de la bioindication à des niveaux taxonomiques différents de celui de l’espèce. Ca pourrait permettre à des botanistes non experts d’entrer des identifications (et plantnet n’est pas toujours très précis), et aussi de prédire des valeurs quand elles n’ont pas été mesurées.
L’aspect sémantique/ouvert/participatif est aussi à creuser.
On a discuté avec Ver de Terre digital, les concepteurs, ils ont reconnu que c’était intéressant de rajouter la taxonomie, on les a invités à se joindre à ce projet, mais on dirait qu’ils vont le suivre de loin.
A propos de SoilDiag, je viens d’avoir Aurélien Revault d’Allonnes au téléphone ce matin, et voici son message :
Nous sommes ouverts pour une collaboration en vue de créer un POC pour le concours GIS.
Soildiag est en phase importante d’évolution et sera la plateforme d’un futur projet de science participative pour récolter un maximum de données (et pas uniquement les plantes bio-indicatrices) :
test bêche (prévue pour début Octbre)
type de culture
itinéraire technique
identification des maladies par reconnaissance d’image sur les feuilles (projet de recherche)
enregistrement et reconnaissance des chants d’oiseaux;
…
L’idée est d’avoir une caractérisation à 360° d’une parcelle en vue de pouvoir proposer des cartographies dynamiques (progression des maladies, avancée de l’agroécologie sur nos territoires, etc…) et de récolter de la donnée qui sera accessible en open-data, notamment pour la recherche.
A cet égard, nous cherchons des financements. Je t’ai mis en attachement les slides que nous avons fait dans le cadre d’appel à projet Européen. Cela donne une idée de la vision à long terme qu’on souhaite développer. Cela peut servir de base à la réflexion pour le projet GIS.
Toujours dans le cadre du projet GIS, il est assez facile pour nous d’ouvrir la base de données Soildiag, que ce soit pour agréger plus de données ou pour en exporter. Nous pouvons, dans la limite du raisonnable, faire quelques développements spécifiques pour intéropérer Soilidag avec d’autres systèmes.
Je relais un message de Jean-Marc Vanel (invité par @fluidlog (merci beaucoup !) qui semble avoir des problèmes de connexion. Je lui ai proposé qu’on se téléphone pour le débuguer.
Bonjour Pierre
Je suis intéressé par le projet:
dont Yannick Duthé vient de me parler.
J’arrive pas à me connecter sur ce forum, alors je t’écris.
Je suis intéressé par la sémantisation de Baseflor.
Cool, en effet, je suis passé visiter le jardin de JM cet été du côté de Lyon
Je dois aussi le rappeler car je souhaite qu’il créer un compte sur le Semapps de Permalieux, car son jardin y sera référencé…
Je vais lui proposer d’analyser en même temps son problème de connexion.
Ce qui ne t’empêche pas @pierre de faire un point avec lui sur le projet
Tout d’abord, le Groupement d’intérêt scientifique sur les sols (GIS Sol) vous remercie pour l’intérêt que vous portez au concours sur les données Sols qu’il a lancé au mois de juin dernier.
Comme vous l’indiquez dans votre message, nous avions effectivement prévu une demi journée de présentation des données susceptibles de pouvoir être utilisées pour relever les différents défis proposés.
Face au peu de candidats inscrits à ce concours à ce jour (la période estivale ayant probablement constitué un frein aux inscriptions), le GIS Sol a décidé de revoir le son calendrier de cette manifestation.
Ainsi, la date de clôture des inscriptions est reportée à fin octobre 2021 et la journée de présentation des données interviendra en novembre 2021. Le concours sera officiellement lancé le 6 décembre 2021 lors de la journée consacrée aux 20 ans du GIS Sol (Gis Sol » Le Gis Sol fête ses 20 ans le 6 décembre 2021). Les candidats auront jusqu’à fin avril 2022 pour finaliser leur projet. L’examen des projets par le jury se déroulera en mai et la remise des prix en juin. Lors de la journée des 20 ans du GIS Sol, les concurrents volontaires auront la possibilité de faire un court pitch pour présenter le défi qu’il envisage de relever et les données qu’il mobiliseront.
Le règlement du concours va donc évoluer en conséquence pour intégrer ces éléments. Nous vous l’adresserons bien entendu.
Nous vous prions de nous excuser pour ce contre temps dans le calendrier.
Nous demeurons à votre disposition pour tout complément d’information.
Bien cordialement
L’équipe projet du concours sur les sols du GIS SOL
Salut !
On a tenu une toute ptite réunion ce soir, documentée sur le pad.
On a convenu de continuer à avancer doucement, et d’organiser une réunion de conception le 30/09 au matin. Une invitation a été envoyée dans ce sens @fluidlog si tu es dispo et intéressé, soit le bienvenu. ça serait surement chouette de convier JMV, je l’ai aussi mis dans la boucle.
Merci énormément pour toutes ces infos, je suis vraiment curieux de tout ça, mais je ne vais pas avoir l’énergie de me mettre plus dessus, étant déjà full sur d’autres projets.
Par contre, je relance JMV pour savoir si ça le branche
Hello, j’ai fait un point sur le problème de login de @jean.marc.vanel, il peut a présent se connecter avec le SSO des communs sur le PAD et sur le forum (pas encore sur Semapps, nous avons eu une 503 du SSO au mauvais moment…).
Bref, JMV fait le tour des liens et reviendra vers vous ensuite si ça lui parle.
Bonne journée,
Yannick
Le concours d’outils numériques pour le GIS Sol, le#SOLathon, est repoussé. Vous pouvez encore vous inscrire jusqu’au15 novembre 2021. Pour toute info & inscription :Gis Sol » Participez au SOLathon du Gis Sol
Parallèlement, le Gis organise à l’occasion de ses 20 ans :
Bonjour,
Nous avons tenu ce matin un atelier de conception afin de déterminer les profils des personnes pour qui nous développerons l’application. Nous nous sommes entendu sur des élus/employés de collectivités qui souhaiteraient ou mieux valoriser leur cité ou mieux la connaître (pour prendre des décisions en conséquences).
Par effet de bord, l’appli serait aussi disponible aux citoyens/jardiniders, mais ce n’est pas la cible première.
@francisco.ortega est motivé pour proposer des maquettes, qu’il nous présentera le Vendredi 22 Octobre de 9 à 10h. Un point de synchronisation est a envisagé avec Arnaud, qui réalise également des maquettes pour INRIA.
Si vous souhaitez consulter le résultat de l’atelier, c’est sur MIRO.
