OntoPortal fédéré (et autres projets de portails d'ontologies)

Standards et protocoles Ontologies
, ,
1

Bonjour,

Pour info, via le projet ECHOES, Beatrice souhaiterait utiliser le logiciel OntoPortal pour héberger les ontologies du patrimoine.

J’ai donc commencé à creuser ce sujet et voilà le PAD où je prends mes notes :

(j’ai commencé à regarder aussi les autres projets concurrents à OntoPortal, @simon.louvet.zen aussi à fait le tour).

Béatrice est en lien avec Clément Jonquet (LIRMM de Montpelier), qui est un peu le Mr Ontoportal en France, depuis qu’il a installé et maintenu AgroPortal (probablement utilisé par DFC bientôt).

Ce qui me semble pertinent depuis peu, est que, dans sa version 3, OntoPortal se veut « fédéré » !
Je vais essayer de participer à une visio demain pour comprendre de quoi il s’agit.
Plus d’infos sur cette version ici :
Release Notes - Outline

2

Après une rapide lecture des Release note, ce que je retiens, c’est qu’ils utilisent à présent Virtuoso pour Agroportal, et que leur fédération semble avoir été réalisé assez simplement via une nouvelle version de leur librairie Ruby qui requète différents endpoints SPARQL Merge to master: Release 2.5.0 - Refactor cache, federated calls, and Rails performance logger by syphax-bouazzouni · Pull Request #22 · ontoportal-lirmm/ontologies_api_ruby_client

Bon, après, ils n’ont pas non plus 15 000 endpoint, leur alliance concerne moins de 10, donc ils ne doivent pas avoir de problème de performance.

En tous cas, je trouve ça un super exemple de distribution !

3

Je participe au workshop de Ontoportal :

Ce que je comprends, c’est que « Fair-impact » est un projet européen très intéressant pour nous au niveau du fameux « FAIR ».
Je ne sais pas encore à quelle étape ils en sont dans ce projet, mais je pense que ça vaut le coup de creuser, car nous avons notre rôle à jouer là dedans.

Les slides :

Le workshop est enregistré, donc vous le retrouverez normalement sur youtube, comme les autres visio de Clément Jonquet.

1 « J'aime »
4

Très intéressant de voir comment ils ont représentés l’aspect « fédéré » entre leurs différents portails.
Nous pourrions tout à fait nous baser sur leurs choix au niveau de l’affichage des listes et des filtres.

Par exemple, ici :
https://biodivportal.gfbio.org/ontologies?sort_by=ontology_name&portals=agroportal%2Cecoportal&search=taxon

image
image1002×523 55.2 KB

Les différents ajouts visuels au niveau UX :

  • A gauche, on voit les deux portails qui sont « apairés » (= fédérés), et on peut choisir les portails que nous souhaitons voir.
  • Dans la liste, une couleur différente du titre par portail
  • un icon différent dans les tags
  • et un icon à droite du titre qui explique qu’on peut sortir du portail actuel pour aller sur celui qui stock vraiment les données.

J’ajoute une remarque concernnant VocBench, il apparait dans le menu, donc je pense qu’il y a un lien avec ce projet, mais je n’ai pas encore compris.

5

ça ressemble aux sources de transicope mais avec une approche ou chaque source respecte une norme (onto, sparql…) donc pas besoin de « traduction » entre source et fédération.

1 « J'aime »